鍼灸は病院でもおこなわれていますか？

はい。
最近では鍼灸や漢方などの東洋医学が一般的になってきました。
一部のみとなりますが以下の大学病院では鍼灸治療がおこなわれています。
・東京大学付属病院　麻酔科・痛みセンター
・千葉大学医学部付属病院　神経内科
・慶応大学医学部　漢方医学センター
・日本医科大学付属病院　東洋医学科
・自治医科大学付属病院　麻酔科
・東京慈恵会医科大学付属病院　ペインクリニック
・東京女子医大　東洋医学研究所クリニック
・東海大学医学部付属病院　東洋医学科
・東邦大学医療センター大橋病院　漢方外来
・埼玉医科大学病院　東洋医学科
・北里大学　東洋医学総合研究所　漢方鍼灸治療センター

などでおこなわれおります。